Les modes d'acquisition s'apparentent à ceux des autres musées français. Les oeuvres sont acquises auprès d'artistes, de galeries ou de collectionneurs privés. Toute l'habileté des conservateurs consiste à établir des relations privilégiées, à négocier des oeuvres au meilleur prix, et à susciter des dons. Cependant, s'attachant à définir le Musée comme "centre de production artistique", le Musée d'art contemporain de Lyon privilégie les productions. 40% des oeuvres de la collection ont été produites.

Les critères d'acquisition sont divers et ne peuvent être énumérés tous. Ils découlent en général de l'observation attentive par les historiens de l'art et les conservateurs des évolutions de la création artisitique. Parmi les principaux critères l'inscription dans le temps vient en premier : un musée d'art contemporain s'intéresse en priorité aux oeuvres les plus récentes. Il puise parfois dans l'histoire de l'art proche les sources de l'actualité qu'il expose.

Le plus souvent l'oeuvre nouvellement acquise peut s'intégrer dans des séries d'oeuvres déjà présentes dans la collection. Ces séries sont la plupart du temps constituées a posteriori par l'étude des collections. Ces séries sont constituées dans le va et vient de l'étude du passé au présent puis à l'hypothèse du futur. Ce qui semble aux historiens, esthéticiens, philosophes, sociologues, plasticiens et autres créateurs, important ou déterminant à la source de filiations, ou cause de radicales remises en cause, oriente les choix du conservateur.

L'apparition d'œuvres "totales" proposant au spectateur de faire une expérience qui ne concerne pas un seul sens mais les convoquent tous dans une perception globale proche de la vie ouvre l'horizon d'attente du musée d'art. Le Musée d'art contemporain de Lyon a résolument écarté la tentative de reconstituer une chronologie historique faite de filiations échantillonnées. En revanche, il choisit tant dans ses modes d'exposition que dans ses acquisitions de faire sien le parti pris des artistes pour un art qui fait fi des typologies généralement admises pour s'attacher à l'expérience de la création artistique elle-même.