Au lieu d'une présentation permanente de la collection, le musée a opté pour des mises en scènes temporaires qui s'intègrent à la programmation générale des expositions. Celles-ci sont généralement conçues sur le moment autour de thématiques qui démultiplient pour le public les façons d'appréhender l'actualité des œuvres.
Parmi les plus vastes présentations de la collection, Histoires d'oeil en 1990, Histoire de sculptures en 1991, Le voyage extraordinaire, exposition inaugurale de la collection en 1997, Poèmes à petite vitesse... en 1998, ...Troubler l'écho du temps en 2001, L'art mol et raide... en 2002.
Le Musée expose régulièrement les œuvres majeures conservées dans sa collection. Après l'œuvre de John Baldessari : Composition for Violin and Voices (Males), 1987, ce sont trois pièces importantes dans l'œuvre de Robert Morris qui ont été mises à l'honneur, puis l'oeuvre de Yona Friedman, produite et acquise pour la collection. Actuellemnt les oeuvres de François Morellet sont à l'honneur.
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