L’archéologie programmée s’inscrit dans le cadre de la programmation scientifique nationale, élaborée par les représentants de la communauté scientifique chargée de l'archéologie en France (personnalités et institutions). Elle correspond, le plus souvent, à des programmes pluriannuels de recherche structurés en fonction d’objectifs très précis, couvrant le champ chronologique et thématique de l’exploration archéologique. La fouille programmée ne revêt aucun caractère d'urgence, elle répond à une logique scientifique contrairement à la fouille préventive qui répond à des projets d’aménagement. Elle est réalisée soit par les agents de l’État, soit par des archéologues relevant d’autres institutions (universités, CNRS, collectivités territoriales…) ou par des archéologues indépendants (association de bénévoles…). L’État délivre des autorisations après examen du dossier soit par le Conseil National de la Recherche Archéologique (CNRA) si le site est reconnu d’intérêt national, soit par une des Commissions Interrégionales de la Recherche Archéologique (CIRA) si le projet s’inscrit dans le cadre régional.