Le CHRD est aménagé dans l’ancienne École des Services de Santé Militaire (ESSM) construite en 1894.
Lorsque que les Allemands envahissent la zone libre, le 11 novembre 1942, l’occupant investit tous les établissements militaires, dont l’ESSM. En mars 1943, les bureaux du Sipo-SD s’installent avenue Berthelot. La section IV, connue sous le nom de Gestapo, est dirigée par le lieutenant Klaus Barbie. Elle est chargée de la lutte contre la Résistance et de la traque des populations juives. L’ESSM devient alors le centre d’interrogatoire des résistants et des Juifs arrêtés par la police allemande. Incarcérés à la prison de Montluc , les détenus sont conduits au siège de la Gestapo où ils subissent des interrogatoires brutaux. Jean Moulin, arrêté le 21 juin 1943 à Caluire, y est torturé pendant plusieurs jours.
Le 26 mai 1944, l’ESSM est touchée par un bombardement allié visant les installations ferroviaires situées à proximité. Le bâtiment donnant sur l’avenue Berthelot est presque totalement détruit.
La Gestapo va alors s'installer au 32, de la place Bellecour, où elle poursuit ses activités.

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